Ingénieur.e / Développeur.se d’outils de maillage 3D

@ Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier LIRMM - France BioImaging RI Ingénieur.e / Développeur.se d’outils de maillage 3D Organization: Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier LIRMM - France BioImaging RI Informations générales Référence : UAR3426-EDIDEM0-035Lieu de travail : MONTPELLIERDate de publication : vendredi 16 juillet 2021Type de contrat : CDD Technique/AdministratifDurée du contrat : 12 moisDate d’embauche prévue : 1 octobre 2021Quotité de travail : Temps completRémunération : Entre 2109 € et 2228 € brut mensuel selon expérienceNiveau d’études souhaité : Bac+3Expérience souhaitée : Indifférent La mission principale de l’ingénieur.e s’intègre dans le cadre d’un transfert de technologie de MorphoNet à travers les outils standards de la communauté d’analyse en bio-imagerie. Nous visons ainsi à contribuer au déploiement d’outils permettant d’interagir avec des ensembles de données 3D et 3D +t au sein des plateformes d’imageries. L’objectif de ce projet est de donner un accès complet à toutes les fonctionnalités de MorphoNet pour les utilisateurs de France Bio-Imaging. Activités 1. Conversion des données :– Création de routines (en python) de conversion de données de segmentation d’images 3D (et 3D +t) vers des données de maillage surfacique et volumique basées sur des librairies existantes (VTK, CGAL) .– Intégration des convertisseurs de données dans des plugins adaptés des outils standards de la communauté (ImageJ,Omero,Imaris,Amira, etc…)– Création d’installateur standalone pour certains convertisseurs.– Intégration dans une interface web permettant l’upload de données segmentées, la conversion en format maillé et le téléchargement des résultats finaux. 2. Création d’installateur de MorphoNet :– Adaptation du serveur de MorphoNet au sein d’une couche de virtualisation standardisée.– OpenStack, en tant que plateforme standard ouverte et gratuite, sera utilisé pour déployer et installer facilement l’infrastructure MorphoNet comme un service docker 3. Formation:– Participation à la conception de divers outils de formation en ligne de MorphoNet.– Formation du personnel des plateformes afin de pouvoir maintenir les outils et aider leurs utilisateurs biologistes finaux. Compétences Connaissances Approfondies:– Informatique Graphique– Traitement d’images– Modélisation Géométrique 3D– Langages de programmation (Python , C++ ) Connaissances Générales:– Technologies de virtualisation– Outil Unity3D– Bases de données– Architecture Web– Sécurité des systèmes d’information et de communication– Référentiel des bonnes pratiques– Fonctionnement du milieu de la recherche académique– Anglais technique Compétences Opérationnelles:– Anticiper les évolutions fonctionnelles et techniques– Expliciter les besoins et les prioriser– Jouer un rôle de conseil ou d’aide à la décision– Communiquer et faire preuve de pédagogie– Accompagner les changements– Travailler en équipe Compétences Comportementales:1 – Autonomie et initiative2 – Réactivité3 – Capacité de prospective4 – Sens de la confidentialité Contexte de travail La personne recrutée intégrera une équipe interdisciplinaire située au Laboratoire d’Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (CNRS – Université de Montpellier, www.lirmm.fr ). Cette équipe a développé un nouveau concept de navigateur web morphodynamique appelé MorphoNet (https://morphonet.org/ ) permettant d’interagir avec des données maillées segmentées à grande échelle, dans une philosophie FAIR. MorphoNet consiste en 1) une interface utilisateur graphique intuitive, fonctionnant sur un navigateur web standard ; 2) une base de données relationnelle pour le stockage et l’organisation des données morphologiques complexes 3D + temps à afficher, capturées à un seul point temporel ou comme une série temporelle ; 3) un ensemble de formats génériques utilisés pour la représentation des données. Ce poste se place dans le cadre d’un projet de transfert de technologie financé par France-BioImaging (FBI) qui est une infrastructure de recherche (IR) distribuée, à la croisée de la biologie moléculaire et cellulaire, de la biophysique et de l’ingénierie, des mathématiques et de l’informatique.Dans ce contexte nous avons de fortes interactions avec la plate-forme d’imagerie Montpellier Ressources Imagerie (MRI, www.mri.cnrs.fr ), membre de FBI, qui est l’une des 16 plateformes technologiques de l’Unité d’appui à la recherche BioCampus Montpellier. Contraintes et risques Informations complémentaires Lieu de travail : LIRMM Batiment 5, 860 rue Saint Priest, 34095 Montpellier #ResultatScientifique #J-18808-Ljbffr